В 40-50-е годы XX века в Хакасии продолжалась планомерная работа по профилактике инфекционных и неинфекционных заболеваний. 

Внедрялись нормативы в области водоснабжения, жилищного строительства, планировки населённых пунктов, их санитарной очистки, иммунопрофилактики и пр. 

В г. Абакане создается межрайонная эпидемиологическая станция, которая обслуживала население четырех районов в радиусе 200 км. В её со­ставе работают санэпидгруппы во главе с врачом - эпидемиологом, а также два санитарных фельдшера, фельдшер — дезинструктор и три дезинфектора. В распоряжение СЭС был передан и транспорт: автомашина «ЗИС» и одна лошадь. 

Затем межрайонные СЭС организованы в Ширинском и Таштыпском районах, функционировавшие без отдельных помещений, без необходимого оснащения, с кадровым дефицитом врачей. В отдельных районах должности главных врачей занимали средние медицинские работники, поэтому они не могли обеспечить противоэпидемическую работу в полном объёме и добиться снижения уровня инфекци­онной заболеваемости. 

К началу 40-х годов в Хакасии полностью ликвидированы особоопасные инфекционные заболевания (холера, натуральная оспа, возвратный тиф). Резко снизилась заболеваемость брюшным тифом, трахомой, дизентерией, детскими инфекциями, регистрировались только единичные случаи сыпного тифа.

Продолжается борьба с малярией. В г. Черногорске, Аскизском, Боградском, Бейском, Таштыпском районах в 1941 г. организованы малярийные кабинеты. На малярию было обследовано 117 272 человека, зарегистрировано 3708 свежих случаев малярии, а также 5 летальных исходов от этого опасного заболевания. В сёлах работало 114 хинизаторов - младший медицинский персонал, который разносил препараты хины для лечения и профилактики малярии по домам, под контролем которых эти препараты принимались населением. 

Благодаря комплексу проводимых на протяжении двух десятилетий профилактических мероприятий, заболеваемость малярией в 1956 году была снижена в Хакасии на 59%. 

С началом Великой Отечественной войны и связанных с ней огромными миграционными потоками населения санитарно – эпидемиологическая обстановка в Хакасии значительно осложнилась. 

В 1942 года Приказом Наркомздрава СССР органам управления здравоохранения предписывалось в десятидневный срок принять неотложные меры по усилению санитарно-эпидемиологической работы. С 22 мая 1942 года в каждой поликлинике введена штатная должность заместителя главного врача по эпидемиологической работе. Срочно была организована работа по подготовке санинструкторов для проведения подворных обходов, направленных на выявление больных и проведение мероприятий в очагах инфекционных заболеваний.   В труднейших условиях военного времени осуществлялась защита Хакасии от заноса и распространения инфекционных заболеваний, перестраивались формы и содержание работы медицинских учреждений. 

В середине 40-х годов в состав Хакасской санитарно-эпидемической станции вошла   Абаканская санитарно – бактериологическая лаборатория, а через 2 года в Абакане было образовано Дезбюро. Позднее организован Абаканский областной дезотряд. 

В трудные послевоенные годы Областная санитарно-эпидемиологическая станция имела очень слабую материально-техническую базу, размещалась в нескольких неблагоустроенных деревянных домах, в качестве транспорта для обслуживания населения у специалистов СЭС имелась только одна лошадь. 

Несмотря на все трудности работники санитарно-эпидемиологической службы самоотверженно, иногда с риском для жизни и здоровья, выполняли работу по защите населения от опасных инфекций и болезней, связанных с условиями проживания, обучения и работы.